Το Τμήμα διοικείται από τη Γενική Συνέλευση. Η Γραμματέας του Τμήματος συνεπικουρείται από το διοικητικό προσωπικό και έχει την ευθύνη λειτουργίας της Γραμματείας. Η Πρόεδρος του Τμήματος συγκαλεί τη Γενική Συνέλευση, προεδρεύει των εργασιών της και προΐσταται των εργασιών του Τμήματος. Στο Τμήμα λειτουργούν τρεις τομείς:
Α. Τομέας Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας
Β. Τομέας Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας
Γ. Τομέας Τεχνολογίας Ήχου, Μουσκοπαιδαγωγικής και Βυζαντινής Μουσικολογίας