Στο Τμήμα Μουσικών Σπουδών λειτουργούν τέσσερις κατευθύνσεις προχωρημένου εξαμήνου: α) Ιστορικής και Συστηματικής Μουσικολογίας β) Εθνομουσικολογίας και Πολιτισμικής Ανθρωπολογίας γ) Μουσικής Τεχνολογίας και δ) Βυζαντινής Μουσικολογίας (βλέπε σχετικό ΦΕΚ), καλύπτοντας μία πολύπλευρη επιστημονική προσέγγιση στη μουσική που βοηθά τους φοιτητές να αποκτήσουν γνώσεις, δεξιότητες, εμπειρίες και κριτική σκέψη που τους καθιστά πολύτιμους στην κοινωνία, ώστε να μπορούν να απασχοληθούν επιστημονικά και επαγγελματικά σε διάφορους κλάδους, όπως, για παράδειγμα: